永陵历史悠久。早在明嘉靖至万历年间就选择了尼雅满山岗（即乔山、启运山）之阳做为家族墓地。先后埋葬了兴祖福满、景祖觉昌安、显祖塔克世及努尔哈赤其它伯祖、叔祖等人。史载：1603年（万历三十一年）9月，努尔哈赤的爱妻年仅29岁的孝慈高皇后叶赫那拉孟古姐姐崩”。“越三载始葬尼雅满山岗”。令四名女婢生殉，杀牛马各一百致祭。太祖伯父礼敦，五叔塔察篇古等亦葬尼雅满山岗。此时当无陵寝建筑更无陵名，仅以赫图阿拉祖陵呼之。1624年（后金天命九年）努尔哈赤于辽阳建东京城之后，于城北羊鲁山建造陵寝（后称东京陵）。谴索长阿孙旺善、铎弼及礼敦子贝和齐至尼雅满山岗祖陵将景祖、显祖、孝慈高皇后，弟舒尔哈齐、长子禇英等诸陵迁东京陵安葬。剩余的陵墓则称为“老陵”。1634年（后金天聪八年）清太宗皇太极尊赫图阿拉为“兴京”，赫图阿拉祖陵则称兴京陵。1636年（崇德元年）清太宗皇太极改大金为大清国，称帝。按古制追尊四祖为四王，即猛特木为泽王、福满为庆王、觉昌安为昌王、塔克世为福王。为四王设太庙祭祝。同时在老陵兴祖墓后设肇祖衣冠冢。专称肇、兴二祖为“二祖陵”。1648年（清顺治五年）清世祖章皇帝福临追封四王：猛特木为肇祖原皇帝、福满为兴祖直皇帝、觉昌安为景祖翼皇帝、塔克世为显祖宣皇帝。同时追封四王的嫡福晋分别为肇祖原皇后、兴祖直皇后、景祖翼皇后、显祖宣皇后。1651年（顺治八年）封乔山尼雅满山岗为“启运山”，设官兵守护陵寝。1653年（顺治十年）始建享殿、配殿、方城门墙。1655年（顺治十二年）立肇、兴二祖神功圣德碑建碑亭。1658年（顺治十五年）因东京陵风水不如兴京陵好，遂将景、显二祖陵及礼敦、塔察二墓迁回兴京陵肇、兴二祖墓前。1659年（顺治十六年）更兴京陵名为永陵。意在江山永固、帝业长久。1661年（顺治十八年）命名享殿为“启运殿”，方城门为“启运门”。立景、显二祖神功圣德碑建碑亭。1662年（康熙元年）奉安四祖满、汉文神牌于启运殿。1670年（康熙九年）于永陵西堡设永陵总管衙门，专司陵寝安全防卫。1672年（康熙十一年）于永陵后堡设永陵掌关防衙门，专司永陵祭祀及陵内一切事。1677年（康熙十六年）永陵改用黄琉璃瓦件。1730年（雍正八年）建齐班房、祝版房。1736年（乾隆元年）建茶膳、涤器房。1747年（乾隆十二年）启运殿内设楠木香几、珐琅祭器。1778年（乾隆四十三年）陵外设栅木1344架、红桩36根、白桩64根、青桩36根。1782年（乾隆四十七年）建夏园行宫。1783年（乾隆四十八年）永陵前设满、蒙、汉、回、藏五体下马石碑。1875年（光绪元年）于永陵街内设兴京副都统衙门、于赫图阿拉设兴京城守尉等衙门（光绪二十四年）。1922年（民国十一年）裁撤永陵总管及掌关防衙门，其事务归兴京县公署管理。1925年裁撤永陵掌关防衙门，永陵祭祀归县公署办理。1961年，成立新宾县文物管理所，1963年永陵列为省级文保单位，永陵事务归文管所办理。1979年10月1日，永陵正式向国内开放。清永陵在1988被公布重点文物保护单位，2004年7月1日被列入世界文化遗产名录。

    清永陵是清太祖努尔哈赤曾祖福满为主的家族墓地，有清一代隶属清朝政府，由朝庭直接设专门机构管理，其机构官员人等受盛京将军节制。
    明万历三十一年（1603年）九月，清太宗皇太极生母孝慈高皇后叶赫那拉氏孟古姐姐病逝于赫图阿拉，三载后（1606）埋葬在赫图阿拉尼雅满山冈（现在的清永陵），班布里（满洲正黄旗塔察觉尔察氏，努尔哈赤长祖父德世库的后裔，世居呼兰哈达山下觉尔察地方，努尔哈赤的侍卫）向努尔哈赤提出看守陵寝，得到允许，清永陵由此始有专人看管维护。
    顺治八年（1651年）六月戊申（初三），设兴京二祖陵章京二员、笔贴式二员、马法二名，兵每旗2名。
    顺治十二年（1655年）六月专设读祭文笔贴式2员。
    顺治十五年（1658年）七月癸丑（十八日），增设看守章京四员、披甲人八名。
    康熙九年（1670年），在永陵设总管衙门，额设总管1员，翼长2员、八旗满洲防御16员，笔贴式2员，领催4员，马兵75名，章京品级3员。康熙十一年（1672）设掌关防衙门，额设掌关防官1员，尚膳副1员，尚茶副1员，笔贴式2员，尚膳人8员，尚香人4员，拜唐阿12名，摆桌人8名，厨役12名，护院领催、壮丁40名；在上述人员中，四品官1名，外郎2名，领催8名；各种匠役13名，牛羊馆达2名，喂牛羊壮丁20名。陵上养有千丁，专司“芟刈外园荒草，烧造砖瓦，备办灰斤，以供岁修。”
    光绪元年（1857年），增设副都统，副都统府在永陵东卜（现在市场以东地方），统管兴京协领、关防、总管三署及开原、凤城、铁岭、抚顺旗署，辖兵1049名。
    光绪二十四年（1898年），增设兴子营，马队一营，都兵一营。
    光绪三十一年（1905年），撤除兴子营、马队营、都兵营。
    民国元年（1912年）辛亥革命后，清王朝覆灭，但根据其逊位全终，“犹得优待”以及各所签订的退位《优待条件》之一：“宗庙陵寝，永远奉祀”，兴京各衙门得以残存，但已停止一切近于行使政权各事项，只能履行守护陵寝和执掌祭祀等职能。
    民国十一年（1922年）十二月二十七日，裁撤永陵总管衙门及永陵掌关防衙门，其事务归兴京县公署接管。
    民国十四年（1925年）四月，撤兴京副都统衙门。到这一年永陵“各衙门尽行裁撤，其事务归兴京公署接办”。
    民国十八年（1929年），县公署改称县政府，下设公安局，财政局，教育局（掌管学校、图书馆及其他文化事项……这时清永陵归县教育局主管。
    民国二十六年（1937年），兴京县公署局改为科，同时撤教育局，于行政科内设教育股。清永陵改属县行政教育股管辖。
    民国三十五年（1946年），国民党县政府设秘书会计室、军事科……教育科……等八个科室。清永陵属县教育科管理。
    1945年11月20日新宾县民主政府接收了县公署，1947年6月改为新宾县人民政府，这期间清永陵隶属县人民政府教育科。1948年1月9日将民政科、教育科、司法科合为民教科，清永陵随之隶属民教科。3月30日撤销民教科，恢复　民政、教育、司法科，清永陵又改为教育科管辖。1956年1月　，原文教科分为教育、文化二科，隶属文化科。1957年5月，教育、文化二科合并成立文教局，改属文教局管辖。1960年4月，文、教分开，清永陵属文化科管理。12月又合并，属文教局。1962年1月，精简机构局改为科，属文教科。
    1966年文化大革命，1967年成立新宾县抓革命促生产第一线指挥部，下设政工组、生产组等，清永陵归政工组。1968年4月，成立新宾县革命委员会，下设政治部，政治部下设组织组、宣传组……，改属政治部宣传组。1970年1月，县革委会机构调整，设毛泽东思想宣传站，清永陵隶属毛泽东思想宣传站领导。1973年2月，县革委会机关调整，原各站名取消，改设民政局、文化局……，清永陵归文化局管理。1981年1月，革委会取消，恢复县人民政府，清永陵属新宾县人民政府文化局。
    1945—1955年十余年时间，清永陵具体管理维护人员基本是一名（即满洲国时期遗留下的陵甲何长清）。1955年设文物干部一名，管理全县文物。1962年，成立新宾县文物管理所，重点管理清永陵并兼管全县文物事业，设干部一人，管理人员一人。1962年增一人。1956年9月6日辽宁省人民委员会总号539文件公布永陵为省级文物保护保护单位。1963年辽宁省人民委员会《辽（63）文尹字第1610号》文件公布调整第一批省级重点文物保护单位48处，清永陵仍是省级重点文物保护单位。1988年1月13日，《国发[1988]5号文件》公布第三批全国重点文物保护单位258处，清永陵成为全国重点文物保护单位。1990年5月19日，新宾县文物管理所分为文物管理办公室（属县文化局主管，主要管理除清永陵以外的全县文物，编制3人）；县文管所（属县文化局管辖，主要管理清永陵，编制5人）。1991年增编2名。
    2002年10月22日，撤消县文物管理所，成立清永陵文物管理所，全县文物由县文物管理办公室管理，清永陵文物管理所成为管理清永陵的专职机构。
    2004年7月1日，列入世界文化遗产名录。

    约在明嘉靖年间（1556）福满逝，始葬福满陵墓。明隆庆三年（1569），喜塔腊氏厄墨乞（塔克世妻，努尔哈赤生母）病故，葬尼雅满山岗（启运山）南麓（清永陵）。
    明万历十一年（1583）二月，觉昌安、塔克世父子在古勒城大战中被明辽阳总兵李成梁误杀后归葬尼雅满山岗。
     明万历三十一年（1603），叶赫那拉氏孟古姐姐（努尔哈赤皇后，皇太极生母）病故，明万历三十四年（1606）归葬尼雅满山岗。
    明天启四年（后金天命九年，1624）四月初一日，努尔哈赤宗弟多壁、旺善、贝和齐等将觉昌安、塔克世、舒尔哈齐、杨尔哈齐、穆尔哈齐、礼敦、塔察篇古、褚英、厄墨乞、孟古姐姐诸墓由尼雅满山岗迁到辽阳羊鲁山，建东京陵,称原陵（永陵）为“老陵”。
    明崇祯七年（后金天聪八年，1634）尊赫图阿拉为“天眷兴京”，老陵尊称为“兴京陵”。
     清顺治八年（1651）十月二十一日，封陵山曰“启运山”遣多罗贝勒吞齐、固山贝子吴达海等祭告。
    清顺治十年（1653）三月初五日，重建享殿、配殿、门、墙。
    清顺治十二年（1655）立肇、兴二祖神功圣德碑。
    清顺治十三年（1656）十一月丁末，建陵工成（启运殿、东西配殿、启运门、方城、宝城等），遣礼部侍郎祁撤白告祭。陵山周围立界址，界内禁止樵采。
    清顺治十五年（1658）九月壬寅，迁东京陵景、显二祖并礼敦、塔察篇古及各自的福晋于兴京陵安葬。
     清顺治十六年（1659）九月辛已，以兴京祖陵乃发祥重地，宜隆显号，以展孝思，尊称为“永陵”。十一月二十五日派官至兴京陵上尊号“永陵”，并呈祭。
    清顺治十八年（1661），建景显二祖神功圣德碑及四碑亭、前院墙、门、大修享殿，尊称享殿为“启运殿”，方城门为“启运门”。
     清康熙三年（1664）：议准每年清明于陵内宝鼎上土一十三担。
    清康熙十六年（1676），大修启运殿、配殿、启运门、碑亭、正红门，并将殿、门、亭顶青灰瓦更换为黄色琉璃瓦。
    清雍正八年（1730）四月，平郡王福彭等奉命增建前院西厢房，陵西石堤362丈，建陵西小河石堤、桥、拦水坝。次年十二月竣工。
     清乾隆元年（1736）改清明宝鼎上土一十三担为一担。并修理殿宇。
     清乾隆十八年（1753），修启运门与红栅。
     清乾隆三十五年（1770），将堆拨房由木板房改为瓦房。
    清乾隆四十三年（1778），正红门外添栅木344架，增红桩36根，白桩64根，青桩36根。将乾隆十九年东巡祭永陵作《神树赋》亲笔御书勒石恭存西配殿内。
     清乾隆四十八（1783），陵区下马木牌改建为下马石碑，用满、蒙、汉、回、藏五体文字携刻。
     前院东祝版齐班房因毁坏严重，1972年进行翻建。1998年揭盖大修。
    前院西茶膳涤器房、东西果膳房、东西红门、省牲所所有建筑（省牲厅、凉果楼、垂花门等）约在清代末年至民国初年先后倒塌。
    1979年复建西茶膳涤器房。
    1989年复建省牲所围墙。
    1993年复建省牲所省牲厅、凉果楼（一层）。
     1997年复建前院东西果膳房。
    方城内的焚帛亭在十年动乱期间（1966年）被红卫兵拆毁上盖，只剩亭身与须弥基座。1983年秋动工复建，1984年秋竣工。
    清永陵的彩画，除东配殿、四碑楼室内彩画保留未动外，其余的彩画都是1988年7月16日至1991年9月4日重新彩画油饰的。彩画油饰方案由国家文物局杨烈工程师指定，大连古建园林公司彩画队施工。启运殿室内彩画改动原貌较大。
    1982年拓宽陵前参拜道（由6米拓宽为8米），1999年改黄砂路面为黑油路面（包括陵前广场）。
    保护范围内的土地1949年土地改革时没有分给农民，归国有，由清永陵管理。
    1952年在保护范围内建永陵苗卜（现在永陵林场的前身），使用土地向县文教局交纳租金，至1958年停交（包括农民使用土地）。据调查，1963年实行土地三包，陵地均不在三包面积之内。1958年在保护范围内建新宾农大，后改拖拉机站、大修厂等（齿轮前身），1964年建新宾第二医院。
    1963年开始，清永陵管理部门根据有关法律文件规定逐年回收保护范围内土地，动迁居民和相关单位。1964年动迁陵寝前永陵苗卜办公用房及职工住房，回收陵前广场东侧土地。1980年动迁苗卜在陵前最后一户职工住房，回收陵前广场西侧土地。1982年回收陵前参拜道东西两侧10米以内与前下马碑四周10米以内的土地。1993年动迁第二医院。2003年动迁陵寝东侧永陵林场职工住宅，回收参拜道东西两侧土地，再拓10米，回收东南公路北侧西堡东头至永陵镇西头土地（由公路向北20米）及公路向南至苏子河岸边的土地。

    明嘉靖年间福满安葬始至清入关前（1644年）为福满家族墓地。
    清顺治二年（1644）至宣统三年（1911年）为清政府永陵总管衙门与掌关防衙门主持祭祀的场所。
    民国元年（1912）至民国二十二年（1933）为清室驻奉天省办事处永陵总管衙门、掌关防衙门主持祭祀之场所。
    民国二十三年（康德元年1934）至民国三十四年（1945）为伪满洲国设立机构主持祭祀的场所。
    1945年至1947年属新宾县民主政府管辖。陵内住一人何长清。
    1947年6月至1949年属新宾县人民政府教育科管辖。清永陵住一人何长清。
    1949年10月1日中华人民共和国成立至1961年永陵镇文化馆管理。陵内驻一人，何长清。
    1962年4月成立新宾县文物管理所，至2002年10月22日由县文物管理所管理使用。2002年10月22日撤消县文物管理所，成立清永陵文物管理所，清永陵由专门管理机构清永陵文物管理所使用。